Kościół wybudowany został w latach 1841 - 1849 w stylu neorenesansowym według projektu Henryka Marconiego. Ufundowała go księżniczka Klementyna Małachowska z Sanguszków, właścicielka dóbr lubartowskich, która przeznaczyła na ten cel 30 000 rubli. Kościół stanął w miejscu targowiska zorganizowanego na Placu Pod Lwem, który powstał ok. 1817 r. w miejscu rozebranych domów a nazwę wziął od herbu Łada przedstawiającego lwa, znajdującego się na domu B. Walickiego na rogu Chłodnej i Waliców. Kamień węgielny położono 18 sierpnia 1841 roku. Gdy Klementyna Małachowska zmarła w Paryżu 26 grudnia 1841 r., chwilowo przerwano prace przy budowie. Wtedy rząd postanowił przeznaczyć na budowę, początkowo 150 000 złp później jeszcze 117 738. 3 listopada 1849 roku odbyło się uroczyste procesyjne przeniesienie relikwii św. Karola Boromeusza do nowo wzniesionej świątyni. Następnego dnia kościół został konsekrowany. Ołtarz główny ufundowali Aleksandra i August Potoccy, właściciele Wilanowa. Wizerunek Madonny z dzieciątkiem pędzla Ligi Rybiego, ofiarował sam budowniczy Henryk Marconi. W 1886 roku ówczesny proboszcz ks. Franciszek Brzeski i hr. Aleksandra Potocka ufundowali tabernakulum. Projekt wzorowany był na rzymskiej bazylice Santa Maria Maggiore. Fronton wieńczy tympanon, przedstawiający patrona kościoła, Carlo Borromiego, udzielającego sakramentu Komunii mieszkańcom Mediolanu w czasie epidemii dżumy w 1567 r. Przed głównym wejściem znajdują się cztery rzeźby dłuta Ludwika Kaufmana i Pawła Malińskiego, wykonane w latach 1849-51 i przedstawiające świętych: Augustyna, Ambrożego, Grzegorza i Hieronima. W 1939 roku zostały zniszczone niektóre figury w niszach zewnętrznych. Po kapitulacji Powstania Warszawskiego Niemcy podłożyli ładunki wybuchowe w krypcie. Wybuch zniszczył prezbiterium, wschodnią część nawy oraz poważnie uszkodził kaplicę, zakrystię i wiele posągów. W 1946 roku przystąpiono do odbudowy kościoła. 9 grudnia 1956 roku, odbudowaną świątynię poświęcił ks. Prymas Stefan Wyszyński.
Foto 1Foto 2